洪武以后直到明末的户口数，《明实录》、《大明会典》、《后湖志》等书有不少记载，而各地方志中记录的本地户口数据就更多。但是，正如研究过明代户口数额问题的学者们普遍指出的，除北方一些地区外，大部分地区的数据质量极差，未能反映出明代人口发展的真实状况。因此，学者们最常使用的方法，是通过检验有关数据推测出明代的人口年平均增长率，再以洪武后期的全国总人口数为基数，推算出明代后期的总人口数。由于对洪武后期人口总数的估计不同，对明代人口增长率的估计也颇有分歧，所以对明代人口峰值的估计相差极为悬殊。以下围绕明代人口增长率问题进行一些讨论。
较早对明代人口增长率作出估计的是何炳棣，他对比了《后湖志》记载的“洪武二十六年”和嘉靖二十一年（1542年）两个户口数字，发现北方人口有较大增长，而南方人口却有较大下降；他计算出北方5省的人口年均增长率是3.4‰，并认为南方人口增长率应稍高于北方，遂推测万历二十八年（1600年）总人口数约有1.5亿。这样，他使用的人口年平均增长率约为4.19‰。赵冈赞同何氏对明代人口呈稳步增长趋势的判断，但觉得何氏的估计太过保守，他认为明代人口年增长率不会低于6‰，到万历十八年（1590年）达到人口高峰时约有2亿左右。王育民基本同意何氏的估计，认为可以年平均增长率3.5‰计算，再加上不在民籍的其他人口，到1600年总人口为1.5亿人。葛剑雄则认为，在一个持续了200年的和平时期里，4.19‰的人口年平均增长率显然太低，而南方农民的生活质量要高于北方，其人口增长率比北方要高得多，也应该高于4‰不少；他主张应以年平均增长率5‰计，这样到万历二十八年应有1.97亿人，此后还可能有缓慢增长，明代的最高人口数额当已接近2亿。后来在与曹树基合写的一篇论文中，由于调高了洪武时期的总人口数，他们更测算到1600年人口总数达到2.05亿，并认为还存在着更高的可能。黑德拉也认为何氏严重低估了明代后期人口规模，并以从1500年至1800年人口增长率出现缓慢下降趋势这一认识为基础，设想了高、中、低三组人口增长率数值：1380至1500年，高值为6‰，中值为5‰，低值为4‰；1500—1600年，高值为5‰，中值为4‰，低值为3‰；1600—1650年，高值为4‰，中值为3‰，低值为2‰。她认为低值是令人难以相信的，或许取高、中之间的值比较合适。以中值计算，到1600年人口应为2.3亿，至1650年应为2.9亿，如以高值计算，1600年应为2.9亿。
曹树基最近对明代人口增长率重新作了全面考察，对何炳棣等学者的看法提出批评，也修正了他自己以前的估计。据他观察，北方地区在弘治以前册载户口数还呈上升趋势，但到正德以后却开始下降，说明此时册载户口数已绝不可信，而何炳棣将嘉靖年间的人口数与洪武时期的人口数进行比较，自然会低估明代的人口增长率。他分府考察了有关资料并加以推测，认为在北方大多数地区，明代的人口年平均自然增长率大致可达到5‰—8‰。他还搜集方志中的零散数据对明代南方的人口年平均增长率进行估测，得出了与何炳棣的估计相反的结果，即南方的人口年增长率比北方要低，只有3‰—4‰。综合南北各地区的情况，明代人口年平均增长率约为4.1‰，到崇祯三年（1630年）约有人口1.92亿。陈剩勇也对明代官方记载中人口的“北增南减”现象进行了初步考察，认为明代江南地区户口统计中的确存在着相当严重的隐漏现象，何炳棣等学者的解释有一定道理；但他又指出，以北方人口的增长率推论同期南方人口总数的做法是不科学的，倭患、溺婴、重赋以及各种天灾人祸对人口增长率产生了巨大影响，明代南方的人口增长率应当是较低的，明代中叶南直隶、浙江、江西、湖广、福建、广东、广西、四川、云南9省的人口总数应不少于明代初期，但也不会比明初多出好几倍。此外，李伯重也对认为江南人口增长率应相对较高的流行看法提出批评，指出到宋元明清时代，生育控制在中国一些地方逐渐普及，成为这些地方人口行为的重要特征之一，而江浙地区尤其具有特别重要的地位；正是在南宋后期至清代中期这5个世纪内，江南地区人口变化方式由先前的高速增长，转变为低速成长。具体到明代，李氏接受了何炳棣关于华北5省人口年平均增长率为3.4‰的假设，并认为南方应稍高，其中江苏、浙江、江西、福建4省可能又低于湖南、湖北、广东、广西、云南、贵州以及四川等，华北5省与湖南等7省高低相互抵销后的增长率可能接近全国平均数，这一数字大约是3.8‰，江南人口成长率应当也很接近于全国的成长率。
这些学者的研究，把明代人口史研究进一步推向深入，为估算明代的人口增长率和明代中后期的人口数额奠定了良好的基础。但是，明代南、北方的人口增长率是否有巨大差距，全国的人口增长率定在什么数值比较合适，还有必要进一步加以研究。从现有资料看，明代北方地区的天灾人祸并不比南方少，其对人口增长率的影响在南、北方应相差不大。只有溺婴这种现象，南方要比北方严重，这可能会导致南方的人口增长率比北方低一些，但绝不会低太多。上述学者对于南、北方人口增长率的考察，以及对南方人口增长率较低的估测，主要是根据官方的户口数字记录――特别是地方志中的户口数字――作出的。但是，由于南、北方社会经济状况和徭役佥派方式存在着巨大差异，两地的户口数字存在的问题和性质便有很大不同，因此，南、北方的人口增长率的差距或许并不像官方统计中反映的那样大。