他一说出要提高官员俸禄，刚才心里有些小芥蒂的大臣们都开始鄙视自己刚才的小心思了。官员中有象李三才这样非常富裕的情况，但大多数家里其实条件并不是太好，即使是东林党中的杨涟、左光斗、赵南星、公鼐、黄尊素等都是小康水平而已。大家又一起跪倒，口中齐呼：“圣明无过皇上。”有些因为清廉所以贫穷的京官，更是激动得眼中微有湿意。
朱由校接着道：“关于商业税的收取方法细则，由徐尚书主理，吏部礼部刑部工部亦要派人参加，一起商量出来后再上疏吧。至于增加俸禄之事，就由首辅大人牵头，六部派人协助，也要定出一个办法来，都报到朕这里来吧。”
徐光启和方从哲出列领旨，退朝后，众臣鱼贯退出，一路上就开始讨论今天的两个议题，倒也是颇为热闹。
很快，徐光启将收税方法写了折子奏上，朱由校仔细一看，初步定下的税率为半成，坐商一年收两次，行商为一次货物交一次，交税之后，均应该发放税票，行商的税票通行全国，一次货物不得重复收税。
户部于每县设一税务处，每州设一税务司，每府设一税务局，每省（布政司）设一税务厅，户部则设一税务总署，徐光启推荐的署长是毕自严。朱由校下旨右佥都御史兼天津巡抚毕自严着升为户部左侍郎，兼任税务总署署长，税务系统进行直管，与当地官府无从属关系，并可以调动地方军队对付恶意抗税的商家。
在这一期的《大明周报》中，议政部分出现了一篇署名啸启先生的文章《为什么要收商业税》，这篇文章全部用的白话，先从国家的职责说开来，认为国家应该是保证每个臣民的权利的，那如何保证呢？就需要军队，官府衙门，学校，养济院、惠民药局、漏泽园等各个机构，而这些机构的正常运行都是需要用钱来支撑的，钱来自哪里呢，当然只能由税收中来，这就是所谓的“取之于民，用之于民”。
而朝廷的税收现阶段主要是农税，朝廷为了对付建奴加收了辽饷。普通农家大多贫苦，很多人家已是不堪重负，而商业税则几乎没有收，很多大商人因此而变得富可敌国，例如前河运总督李某，家产超过了一年朝廷的岁入，这样的情况就是没有收商业税的结果，本来应该是国家的钱，也就是大家的钱，结果却聚在少数人手里去了，供他们花天酒地，而国家和普通人却根本没钱可用。
然后他提出税收应该顺应天道，要做到损有余而补不足，所以应该要收商业税，而且应该是收重税，将逃税者严惩。并希望皇上能好好查一下官员的家产，相信有大量家产的人不可能所有的钱都是干净的，只要查出有违国法，应该斩其头，抄其家，灭其族。
最后他认为，商人能够在一个平安的环境下经商，在行商过程中没有盗匪抢劫，坐商没有地痞流氓捣乱，本来就是朝廷善加管理的结果，朝廷缺钱，最后导致管理不善，盗贼蜂起，流氓横行，最后吃亏的还是商人，商人们应该想明白这一点，交税其实就是保护自己，是为了自己的利益。