这样的解决方案当然是让所有人都满意，特别是颜思齐，面子里子都有了。他心里对卢象升充满感激，说道：“卢总长才思敏捷，思齐佩服。”
只有满桂有些不高兴：“陛下，那臣怎么办呀。天天在京城里都养胖了，等两年真的提不动刀了。”
他这么一说，其他将领也嚷嚷了起来。朱由校无奈地说道：“参谋总部还没有正式成立，朕还要和孙兵部、卢总长、熊先生和各位将军们仔细商量，将近卫军进行改组，在全国划成不同的军区，比如曹将军的黑龙江将军就是黑龙江军区的将军。你们很快就要奔赴各地，到时有你们忙的时候，怕什么髀肉复生。”
五天后，在兵部议事堂，召开了全军少将以上的军官会议，所有在京的将领都参加，会议由孙传庭主持。
朱由校将大明国内划分成六大军区：管辖北直隶和山西山东河南及辽西的北方军区，由周遇吉任北方将军。管辖陕西，朵甘思宣慰司，乌思藏宣慰司的西北军区，由满桂任西北将军。管辖四川，云南，贵州的西南军区，鲁钦任西南将军。管辖湖广，广东，广西，江西的南方军区，杨光皋任南方将军。管辖南直隶，浙江，福建的东南军区，赵率教任东南将军。管辖黑龙江流域包括辽东的黑龙江东方军区，曹文诏任东方将军。
除了这六大军区外，还设有海军军区，象颜思齐便是北海东海总督，包括济州，新州在内的整个东海北海海域都是他的管辖范围。而郑芝龙则是南海总督，包括琼州岛，吕宋各岛，越南及周围的各处海域都是他的管辖范围。至于张千方则因为已经出洋而暂时没有封号。
大明兵部参谋总部正式成立，卢象升任参谋总长，熊廷弼和杨光夔任副总长。白健森和李德林为少将参谋官，带领以下各级参谋员。
每个军区按照其管辖范围分配数量不等的常备军，常备军以师或者旅为单位每三年一轮换，而将军府及其下的各地分处则为固定组成，这些都属于护卫军。
而除了护卫军以外，各军区还有由兵部直管的野战军。平时各军区将军负责野战军的训练和后勤供应，但无权指挥野战军。如果有战事发生，则由参谋总部派将领组成野战兵团，但战后会立即解散野战兵团，这就让各大军区将军无法将军队变成自己的私人部队。
孙传庭宣布完毕后，朱由校开始讲话：“建奴已灭，我们很多军官担心没有仗打了，是不是要刀枪入库马放南山了。朕要说，我们还有很多仗要打，很多地方要占，很多东西要抢。这话文官们不爱听，好在这里只有孙兵部一个文官，他没有关系，他爱听。”
众将一起大笑鼓掌，都觉得皇帝这话实在是太妙了，不抢地方不抢东西打什么仗，以前建奴抢我们的地方杀我们的人，我们就要反抢回去，反杀回去，这样才会爽。