而孙传庭在陕西时，遇到什么自己不好处理的事，常常会写信向皇帝讨教，而皇帝给出的意见和建议一般都能很好地解决问题。所以他对皇帝敬佩不已。刚才所说的话是内心的真实反映。
朱由校通过《大明劫》知道孙传庭善于练兵，镇压民变不遗余力。而在陕西的这段时间才发现，孙传庭不但知兵，民政方面也是一把好手。陕西竟然能够不用开中法就解决了粮食问题，甚至还有大量的红薯粉丝之类的物品可以输出到各地，使得陕西的经济情况大为改善，而陕西作为大明末年火药桶的危险已经不复存在。他是明白明末农民起义的厉害的，所以在他看来，孙传庭的功劳就是比起辽东的近卫军，南边的孙承宗等人都毫不逊色。
朱由校上前扶起他道：“孙卿请起，陕西安定，实在是不世之功，朕心甚慰。”
黄克缵心想，皇帝也太过了吧。一省之地安定，竟然称为不世之功。看这君臣相得的样子。这孙阁老只怕不到四十就会成为首辅。
其他的官员也看得不大舒服了，这君臣二人好象自成一个圈子，把其他人都排斥在外了。
孙传庭也觉察到了这一点，起来后对着方从哲施礼道：“传庭于陕西三年，得首辅大人和各位大臣帮助良多，在此一并致谢了。”
方从哲满面笑容道：“主要是陛下指导有方，孙巡抚行事谨慎，方法得当。内阁不过是奉陛下旨意协助而已，当不得谢字。”
孙传庭做了一个罗圈揖道：“传庭一人，浑身是铁能打得几两钉。上承皇恩，下托百姓，还有各们同僚帮衬，方才有点小小成绩。得皇上如此褒扬，实在让传庭汗颜。惭愧惭愧！”
朱由校大笑道：“好了好了，谦虚也谦虚了，赞扬也赞扬了。此间事已经差不多了，要不我们一起坐火车回京城吧。”
因为来时已经由徐光启和魏忠贤坐过了一次，群臣见火车安全性倒还不错，也有些心痒，于是茅元仪拖来三个车厢，大家一起坐火车回京城。
这次回来时因为皇帝在车上，所以速度就慢了一些，相应的震动也就没有那么厉害。
下车后，朱由校直接对孙传庭说道：“你以兵部尚书衔入阁，但兵部的事也由你来管，黄本兵要去福建，孙阁老回来后会去山海关。你先把卫所替换的事搞出一个方案来，九边之中，辽东已经打乱，卫所不存，但其它如宣府﹑大同﹑蓟州、山西四镇，应该全部替换为近卫军。至于宁夏﹑甘肃﹑榆林﹑固原四镇则作为第二批替换的地方。你和黄本兵交接一下，明天就正式上任了。”
孙传庭自和黄克缵去交接不提。而茅元仪送走了皇帝和大臣后，又和孙元化及毕懋康商量了一下给火车装弹簧的问题，再一起去看毕懋康的开花弹实验，一直忙到向晚时分，才拖着疲惫的身子回到家里。
他的妻子在老家照顾父母，现在京城里就只有杨宛和王微两位侍妾。杨宛已经准备好酒饭正等着他，王微帮他卸下披风，将官服换成常服，三人便开始用餐。