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公元396年，对江东而言，真是多事之秋。
元月，孝武帝驾崩，中枢大权尽归司马道子。
三月，王恭在京口发布檄文，逼得司马道子下令诛杀了心腹王国宝。
不等江东上下松一口气，四月时，长江上游又突起一场大乱。
而掀起动乱的罪魁祸首，正是南郡公桓玄。
当初王恭之乱被平定后，司马道子对‘有功之臣’论功行赏。
其中刘牢之被任命为都督兖青冀幽并徐扬、晋陵诸军事，成为北府名至实归的领袖。
不过，司马道子并不信任刘牢之，故并未让对方像王恭那样兼任兖、徐二州刺史。
基于此，司马道子加封会稽王府司马、右将军谢琰为卫将军、兖州刺史、假节，与刘牢之同驻京口。
又在司马尚之建议下，为拉拢刘裕，他改任刘裕为徐州刺史，接替刘牢之向南移驻淮阴。
让刘裕移驻淮阴目的十分明显，显然司马道子想借刘裕来分化、拉拢北府旧将。
如此一来，刘牢之前有谢琰监视，后又刘裕虎视，怕是再不敢轻易作乱。
安排好建康以东诸藩镇，司马道子开始将目光瞄准了荆州三藩。
眼下司马道子迫切需要破坏掉荆州三藩联盟，以此来解除长江上游威胁。
由于桓玄始终不肯去广州任职，司马道子不得不改任其为江州刺史。
不久，雍州刺史郗恢在荆州三藩联合反对下，被迫回朝廷任尚书。
雍州刺史一空缺，立即引来桓玄、杨佺期觊觎。
司马元显得知后，遂向其父会稽王建议，趁机瓦解荆州三藩联盟。
于是，司马道子下诏任命杨佺期为都督梁雍秦三州诸军事、雍州刺史。
并进封桓冲之子桓修为荆州刺史，反倒将殷仲堪贬为广州刺史。
司马元显这一建议，很快起到了应用作用。
殷仲堪得到诏书以后，不禁勃然大怒，遂敦促桓玄、杨佺期再度联合威胁朝廷。
然而，接到殷仲堪书信，杨佺期、桓玄纷纷按兵不动，两人各有自己盘算。
对桓玄而言，此次利用形势变化，迫使朝廷将江州刺史交给自己，他已很满意。
而杨佺期虽有弘农杨氏背景，但在晋人眼里，他与刘牢之身份几乎不相上下，均为中下级士族阶层。
如今能够混迹都督三州，对他而言，也很不错了。
况且今王恭已死，而殷仲堪不会打仗，刘牢之又已归顺朝廷，再打下去，胜负难料。
反正好处已拿到手，何必非冒着灭门风险孤注一掷？见好就收最是稳妥。
桓玄、杨佺期不愿动弹，仅靠殷仲堪一人自是无法成事，不得已只好作罢。
不过，这样一来，荆州三藩之间矛盾已彻底激化，不过时暂时维持了表面和平。
然三人虽各怀鬼胎，但也不得不暂时结盟，以共同对抗司马道子。
但是经过一系列巨变后，三人之间地位、实力对比已悄然发生了变化。
原本名义上的老大殷仲堪被迫让位，与杨佺期共同推举桓玄为新盟主。
在结盟前夕，杨佺期秘密向殷仲堪建议，准备在歃血为盟时诛杀桓玄。
殷仲堪虽然对桓玄心存忌惮，但同样也不放心杨佺期。
他担心一旦杨佺期杀死了桓玄，将会进一步加害他，遂严厉阻止了刺杀行动。
而桓玄当上了盟主后，为了安抚殷仲堪，不得不让桓修将荆州刺史一职还给对方。
于是乎，费了九牛二虎之力，荆州三藩总算再次达成妥协。
不过，世上没有不透风的墙，桓玄很快得知杨佺期密谋刺杀自己的计划。
桓玄是谁？天之骄子，豪门贵公子，向来只有他欺负别人的份。
如今受杨佺期算计，岂能不报复？
于是乎，当誓言尚言犹在耳之际，桓玄开始秘密计划灭掉杨佺期。
作为江州刺史，桓玄不仅没有去豫章上任，反而将江州治所迁到了夏口。
夏口，控御长江中游，向西可以防御江陵殷仲堪，向北可威胁襄阳杨佺期。
而桓玄迅速坐大，也越来越让殷仲堪感到不安，遂秘密联络杨佺期，欲合击桓玄。
然殷仲堪却不知，此时桓玄也觉得夺取荆州机会成熟。
于是，桓玄对外宣称将北伐关中，帮助大都护卫朔消灭后秦。