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对于大本营和内阁政府之间的分歧，裕仁天皇也是颇为无奈。≯ 网 一边是要打，另一边却说没钱打，无奈之下只得召开御前会议。
尽管有分歧，但是很快就解决了，大本营和内阁政府各有各的考虑和道理。但是他们都知道一个道理，对于日本方面来说，攻打武汉不仅仅是一个军事问题，而是一个关系到能否全面解决中国事变的关键性的政治问题了。
用现任日军6军大臣的板垣征四郎的话说：“对于日本政府来说，武汉攻略战显得尤为重要。因为如果支那政府打输了，他们就要在失去了华北、华东和上海、南京之后，又要失去了中原诸省及武汉三镇、长江中、下游地域。这样，国民政府就要被迫迁移到四川的崇山峻岭之中而真正沦为一个地方性政府了。”
“而在这种情况下，大日本帝国完全可以在自那国内寻找某个派系或是军阀人物建立全国性的政府，以取代西南之隅的国民政府，诸如山西的阎锡山或者是一向亲日的汪精卫等人，他们肯定很乐意和帝国合作的。这样的话，和平还是不和平，支那蒋政府的日子就会不好过了。”
“另外从军事上将，一旦武汉被攻克，支那政府不单单要面临政治上的危机，还要应对军事方面的困境。毕竟华北、华东、华南、中原都丢失了，蒋政府只剩下穷困的西北和闭塞的西南了，这个持久战该如何继续打呀？因此投降是迟早的事情，也是必然的！”
除了这些，板垣征四郎又从双方实力对比以及战场局势分析了此战的胜负概率，得出日军必胜的结论。
日军高层有这样的想法也是正常的，毕竟对此他们是有经验的。自十九世纪末叶以来，包括日本在内的各国列强在屡次侵略中国境内时，开始，中国的清政府还进行一定的抵抗，可是随着列强的大军逼近中国的繁华的城市和都之时，清政府就会停止抵抗，屡屡要求战败议和，进而割地赔款，结束战争。
因此，日军大本营就想当然地推断出只要日本军队一举攻占中国的几个大城市和战略要地，基础本来就不稳固的******政权也要效仿清政府停止抵抗，提出议和，从而使日本政府在得到一定实惠的前提下体面地结束这场本不愿扩大的战争。
不得不说，板垣征四郎虽说是一个军人，但是这口才确实令不少政客都感到汗颜。在他三寸不烂之舌的鼓动和劝说下，包括近卫文麿等人在内的政府高层终于动摇了。很快，在裕仁天皇的拍板下，日军大本营决定进行第二次武汉攻略战。
关于进攻武汉的作战计划早就做出来了，几乎是第一次武汉会战的翻版。日军拟定以华中派遣军应以主力沿长江地区攻占汉口，尽量消灭敌军。而华北方面军以一部在华中派遣军攻势开始前，攻占晋南豫北一带以牵制支那第一战区和第二战区。
根据上述决断，日军参谋总长于6月7日下达了第179号命令：“华中派遣军应利用南昌作战之战果，协同海军伺机占领彭泽、、湖口、九江一线。华北方面军占据地区内确保安定之要领，在于尽量使残敌归顺，无可能时则扫荡敌之主力，尤其是支那中条山之敌。并就策应华中派遣军向汉口作战，研究并准备以一部兵力向郑州方面前进牵制敌军的作战。”
命令很快就下达到了中国战场，接到命令之后，早有准备的日军华中派遣军司令官畑俊六大将积极调兵遣将，随即动了第二次武汉攻略战。
为了打赢这一仗，华中派遣军共调动了14个师团和一个航空兵团，另外调集了一支实力相当可观的海军参战。畑俊六大将先是命令东六迩宫中将的第二军主力四个师团为基干逐次向皖南、豫南附近集结；而冈村宁次中将的第11军以五个师团的基干部队向彭泽、湖口附近集结兵力。