迁都长安后，董卓威福更盛，盗用天子车服，并命尚书以下众官有子皆至其相府禀报。
又以其弟董旻为左将军，从子董璜为侍中、中军校尉，皆典兵事。
董卓大封其宗族，董氏襁褓中婴儿皆得封，男皆封侯，女为邑君。
董卓命人于长安筑郿坞，高、厚各七丈，其中积谷可用三十年。
董卓残暴好杀，诸将稍有言语差失，立即处死，又以叛逆之名，大杀关中旧族，其倒行逆施引起了朝臣强烈的不满。
司徒王允、司隶校尉黄碗、尚书杨瓒等密谋杀掉董卓，董卓自知为人所怨，出入常以骁勇过人的中郎将吕布作护卫。
王允义女貂蝉，有倾国倾城之貌，王允见之大喜，遂心生一计，以连环计离间董卓与吕布。
时董卓因事欲杀吕布，吕布与董卓本就因为貂蝉之事心生嫌隙，如今见董卓竟不顾父子亲情，欲杀自己，于是，主动寻王允商议，欲对董卓痛下杀手！
正所谓先下手为强，后下手遭殃，吕布深谙此理！
王允等人见时机已至，遂力劝吕布诛杀董卓，为天下除害。
初平三年四月，天子生病初愈，众臣入宫朝见，未央殿内，大小官员依次站好，众臣表情不一，有人欢喜有人愁。
董卓乘车而入，以兵士护卫道旁，并使吕布随车护卫。
王允令尚书仆射士孙瑞将写有诛杀董卓的诏书，交付吕布。
吕布命部将高顺率勇士十余人扮作卫士埋伏于朝门内，董卓入内之后，高顺突然杀出，一戟将其刺倒，吕布随即挺身而出，将董卓刺死。
董卓既死，长安兵民百姓相庆于道，卫士皆呼万岁，尽诛董氏宗族。
天子为表王允之功，以司徒王允录尚书事，开始总理朝政，以吕布为奋威将军、假节，仪比三司。
自中平六年八月到初平三年四月，董卓废少帝、杀太后、迁都长安、杀戮大臣、残害百姓、专制朝政、僭越不臣、祸害天下，给社会和百姓带来了巨大灾难，直至董卓被杀，董卓之乱才宣告结束。
原以为自此之后，天下将迎来一个崭新的太平盛世，然而任谁也不曾想到，王允在掌握了大权之后，就像变了一个人，他变得居功自傲，目中无人，甚至连满朝文武也不放在眼里了！
之前董卓在世时，王允总是与众臣推心置腹，共商计策，而现在每次与群臣议事，王允却总摆出一副高高在上的样子，满脸都是轻蔑的表情，群臣们也因此与他渐渐疏远！
在这一点上，王允与邓艾非常相似，成功之前，他们都能谦虚隐忍，诚恳待人，在困难面前磨砺心性，不骄不躁，而一旦功成名就，则立马就飘飘然，眼睛长到了脑门上，亲手造就了自己的人生悲剧！
尤其是在安排和处理董卓旧部的问题上，王允反复无常，态度很不慎重。
凉州兵是董卓的嫡系部队，不但战斗力很强，而且对董卓忠心，董卓掌权时为了拉拢士族，把要职都给了王允，袁绍，袁术这些所谓的名士，而对旧部反而没有过多的提拔，但这些人虽然官职不高，却都手握重兵，所以在董卓死后，如何妥善处置这些凉州兵将，成为关系到朝政能否稳定的头等大事。
在这一关键问题上，王允甚至还不如吕布，吕布曾一再建议王允，应赦免董卓的部下，王允起初答应，后又反悔，吕布又建议王允，应把董卓的财务拿出一些，赏赐给这些将校们，王允非但不准，反而还企图剥夺凉州将领们的军权，将凉州兵全部取缔，一时间传言四起，甚至有流言说王允要杀掉所有凉州人。