听完了吕琦的紧急报告，朱由检脸上原本轻松的神情顿时收敛了起来，不过他看起来倒也并不怎么紧张。
“秦夫人的报告在什么地方？”朱由检略略沉默了一会，便开口向吕琦询问道。
吕琦赶紧把紧紧捏在手中的奏章送到了崇祯的案前。
朱由检仔细的把秦良玉、尤世威署名的奏章看了一遍，事情果然同吕琦所说的差不多。他随即又翻看起了，同奏章放在一起的尤世威、徐应元两人送上来的密折。
尤世威、徐应元两人抵达重庆后，向一干被召集来的四川将领宣布了，朝廷要设立西南都督府的决定。随后，徐应元又宣布了对马千乘的追封和秦良玉的封侯，及由秦良玉担任西南都督府左都督，贵州、四川总兵及尤世威担任其副手的命令。
世袭石砫宣抚使是一个土司职位，虽然马千乘、秦良玉对朝廷忠心耿耿，又因为饶勇善战而深得明军中将士们的钦佩。但是让一名土司掌握西南两省军队的最高指挥权，这还是大明立国以来的第一次。
在播州、永宁、水西土司相继叛乱，汉人将领对西南土司最为不信任的时刻，朝廷颁发的这个命令，自然就引起了四川汉人将领的不满。特别是现任四川总兵侯良柱，他是前任四川总兵官李维新的副手。
永宁土司奢崇明叛乱时，四川兵马连战连败，唯有秦良玉调度有方，连续挫败叛军，控制住了时局。因为四川明军在平叛战争中的表现，时任四川总兵官的李维新被秦良玉弹劾，导致他被天启申斥后不得不去职。
这件事使得四川明军同秦良玉率领的石柱土司之间产生了间隙，而其弟秦邦屏不久后在陆广做战中战死沙场，也未尝没有接应的明军消极避战的因素。当侯良柱接任四川总兵官后，随着平叛战争形势的好转，就把石柱土司兵给闲置到了后方。
侯良柱并不反对朝廷设立西南都督府的决定，但是他不能接受由秦良玉来担任西南都督府左都督，领导贵州、四川两省的军队。
一来四川明军和石柱土司之间存在着旧怨，二来则是侯良柱等一干明军将领也实在不能接受，一位女子成为他们的上司。明军毕竟不是土司兵，男尊女卑的社会观念在这些明军将领心里还是根深蒂固的。
原本游离在明军体制之外的石柱土司，愿意让一位女子担任首领，明军的将领并不会在意，毕竟这是西南少数民族不开化的表现。但是按照崇祯的命令，石柱土司显然将会正式进入到明军的正式编制。
同饶勇善战的石柱土司兵相比，四川明军显然要稍逊一筹，如果再被他们夺去了朝廷的资源，今后岂不是要让这些明军将领仰土司之鼻息，这个消息显然让四川明军的将领产生了抵触情绪。
而四川的文官系统同样对此感到不满，西南都督府的成立剥夺了他们对于军队的直接支配权力。这不仅让他们失去了分享平乱战功的机会，还让他们在经济利益上受到了损失。不管是战时的物资供给，还是战后对叛乱土司的土地分配，这都存在着极大的经济利益。
但是在奢安之乱前，四川、贵州除了成都平原地区外，其他地区都是土司力量占据优势。朝廷主要是依仗着占据了川、黔地区的交通要道和最为平坦肥沃的平地丘陵地带，把各家土司的地盘给分割开来，才在局部地区占据了优势。
奢安之乱后，四川、贵州的几个大城市被叛军屠戮一空，比如贵阳、重庆基本上就没多少人幸存下来，因此两省的缙绅势力自然大减，只有成都平原的缙绅躲过了一劫。
奢崇明虽然之后被重整旗鼓的明军打的连永宁老家都丢了，但是四川的缙绅也无法再如战前一般牢牢的控制住地方了。
没有了地方缙绅势力的支持，四川的文官力量显然就有些底气不足了。他们之所以还能压制住川、黔两省的地方军头，一则是依靠朝廷的威望，二则是依赖于入川的陕军和忠于朝廷的云南、四川大土司。
现在朝廷转而支持四川最强大的石柱土司来对川、黔两省的军政进行整顿，这些文官们除了一边向朝廷中的同僚师友告急，另一方面便是自动的联合明军将领，对西南都督府的成立进行阻扰了。
西南都督府建立后，秦良玉听从了尤世威和徐应元的建议，没有对川、黔两省的明军同时进行整顿，她一边向贵州的总兵官许成名示好，表示暂不对贵州明军的军制进行变动，又抽调了一部分贵州军的底层将校进入成都陆军军官学校学习，准备大用，获得了贵州明军将领的支持。
之后秦良玉命副将秦永成对四川卫所田地及重庆、永宁的土地进行清丈，并责令部分侵占了以上大片土地的将领和官员退回田地，对于有主的土地发还原主，无主土地则一并对卫所军士、川、陕、石柱军队的士兵家属进行授田。
这一举动，顿时让西南都督府和秦良玉本人获得了底层士兵和当地百姓的支持。但同时也遭受了明军中上层将领、当地文官、蜀王一脉宗室的痛恨。