在崇祯拿出了太祖高皇帝的话语搪塞了他之后，孙承宗也无法再劝说下去了。
他迟疑了片刻之后，才对着崇祯说道:“所以，陛下便是为了今天这军制改革的事宜，才不愿意让袁自如接替臣的职位吗？”
朱由检抬头看着他说道:“先生你也知道，军制改革之后，总参谋部将会变得多么重要。朕实在不能把参谋总长的位置交给，一个有可能破坏了朝中政治平衡的人。
而在今日的朝堂上，除了先生以外，朕还能相信谁呢？难道先生真的认为，我们这位袁自如先生担任了总长之后，会像先生您这样，保持对朝堂政治的中立态度吗？”
孙承宗顿时沉默了下去，他之所以一直推荐袁崇焕接任自己的位置，完全是因为他觉得，以袁崇焕的胆略和才能方可以抵挡得住辽东兴起的建奴。
相比起朝堂中那些虽然口上夸夸其谈，但是连战场都不敢去的官员来说，袁崇焕已经算是大明文官中少有的知兵人物了。
茅元仪虽然同样才能出众，但是一来他不是科举出身，无法得到朝中文官集团的认同；二来他的文人个性过于强烈，根本无法得到军中大将的认同。
因此能够同时获得朝廷和军队认可的，孙承宗以为只有袁崇焕最为合适。他更希望茅元仪能够作为袁崇焕的副手，帮助袁崇焕解决在军事谋略上的缺陷。
但是孙承宗此前的考虑，总参谋部只是取代五军都督府，战时统帅军队出征的这么一个平时将领安置所。
他之前并没有想过，崇祯会把总参谋部的位置抬的这么高，现下兵部除了最后的军费审核同军官任命外，只剩下了对于后勤和军械的监管工作。
总参谋部却已经从刚设立时的军令机构，延伸到了军政管理的工作上去了。可以说，从前是兵部侵占了五军都督府的大部分权力，但是现在总参谋部却大有架空兵部的势态。
按照今天的军制改革方案实施下去，他这个参谋总长的权力还要在兵部尚书之上，唯一欠缺的一点便是，代表军队在朝堂上发言的，还是兵部尚书而不是参谋总长而已。
孙承宗能够保证，他在这个位置上对朝中的政治斗争能保持中立。但是他却无法保证，他的弟子袁崇焕是否也能如此，毕竟这位弟子的功名之心，从来都没有在人前隐藏过。
孙承宗思前想后了许久，便打了退堂鼓对着崇祯说道:“老臣且为陛下再撑上两年，看看这袁自如究竟能不能担当大任。
不过如果他这两年内行事不出差错，陛下是否能够重新考虑，让他接任臣的职位。纵观现在的总参谋部成员和朝堂上的官员，能够胜任参谋总长的人员，实在是寥寥无几啊。”
朱由检抿着嘴仔细的想了想，才谨慎的回道:“如果袁自如是众望所归，就算是朕也阻拦不得，孙先生又何必多虑。
倒是孙先生可在这总长的位置上下一下功夫，看看如何订出制度限制住参谋总长权力过大的问题，则朕就不必为参谋总长的人选日日担忧了。”
孙承宗略略沉默了片刻，便想要起身向崇祯告辞，但是朱由检却再次叫住了他说道:“其实朕还有二事，想要同先生私下商议。”
孙承宗对着崇祯欠了欠身，便再次坐了下来，等候皇帝的吩咐。
“一件事是，现在我们已经建了北京、南京、成都三所陆军军官学校。以这三所军校毕业的学员为基础，当地方都督府成立之后，便可将附近几省内的军队重新整训一遍，加强朝廷对于地方军队的控制力。
但是两广云南之地位置偏远，且和其他地区的自然条件相差较大，若是以这三所军校去整训这些地方的军官，恐怕往来不便，也会出现水土不服的状况。
所以朕希望，从北京、成都两地抽调教官和毕业学员作为老师，在两广之地建立一所新的军校，专门用以整训这一地区的军队，并测绘该地区的地图和研究该地区的作战方式。不知先生以为可否？”
孙承宗只是低头沉思了片刻，便回道:“陛下思虑的极是，两广、云南之地向来被人视为瘴疠之地，特别是广西和云南的防御，都是以当地的土兵为主。
虽说广西狼兵、云南土司一向恭顺于朝廷，但是西南奢安之乱前，奢家和安家同样是对朝廷忠心耿耿的土司人家。
凡事预则立，不预则废。对两广云南之地的官军进行整顿编训，现在也是势在必行了。臣以为，在两广设立一所军校是应该的。不知陛下属意何处建立这所军校？”